С середины 1988 г. началась реорганизация В/О «Совфрахт». Число подразделений было сокращено с 22 до 15, штат сотрудников уменьшен почти на 1/3.
В 1989 создано акционерное общество «Совмортранс» – первая отечественная коммерческая компания, оказывающая услуги по организации мультимодальных и интермодальных, морских контейнерных перевозок.
В 1992 г. Всесоюзное Объединение «Совфрахт» в результате приватизации и изменения организационно-правовой основы было преобразовано в Акционерное общество открытого типа (впоследствии, ОАО), являющееся правопреемником В/О «Совфрахт». После распада СССР и приватизации «Совфрахт» сменил концепцию развития, сократив количество зарубежных компаний и сосредоточившись на расширении бизнеса внутри России и СНГ, оставаясь при этом последовательным проводником государственной политики на транспорте.
С начала 2000-х ГК «Совфрахт-Совмортранс» стала активно наращивать темпы развития.
Были открыты представительства в Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, Саратове, Казани, Владивостоке, Одессе, Новосибирске, Новороссийске, Стамбуле, Лимассоле,
Среднегодовой объем перевозок достиг 20 млн. тонн, парк подвижного состава Группы компаний вырос до 20 000 жд вагонов, дедвейт – до 55 000 т. В этот период ежегодный темп прироста операционной прибыли составляет около 20%.
Совершен ряд сделок M&A, приобретены такие активы, как Ейский морской порт, Астраханский морской порт, терминал Предпортовый, терминал в Ильичевском морском порту.
С начала 2000-х в ГК «Совфрахт-Совмортранс» основательно сменилась команда. К команде опытных профессионалов присоединились менеджеры нового поколения – молодые, активные, амбициозные. В Группе компаний стали развиваться новые виды услуг: контейнерные перевозки, складская логистика, IT-технологии, логистика в Арктике.
Несмотря на кризисные периоды в экономике (1998, 2008-2009 гг) «Совфрахт» и «Совмортранс» значительно расширили свою клиентскую базу и
В 2009 году ГК «Совфрахт-Совмортранс» была признана Лучшим национальным интермодальным оператором России по версии Евро-Азиатской логистической ассоциации.