С началом Великой Отечественной войны объемы фрахтования инотоннажа и отфрахтования советского тоннажа значительно сократились, а с и.ля 1941 года они почти полностью прекратились. В это время в функциях В/О "Совфрахт" и его структуре произошли значительные изменения: аппарат был сокращен с 51 до 13 человек, из которых 3 человека быил откомандированы в северные порты, а 5 человек ушло в народное ополчение.
На "Совфрахт" было возложено ведение инвалютных расчетов за фрахт по перевозкам импортных грузов на иностранных судах, экспортных 0 на советских, расчеты по дисбурсментским расходам, а также обеспечение и ведение учета по перевозкам ленд-лиза после подписания Соглашения между СССР и США. Морской транспорт страны активно участвовал во внешнеторговых океанских перевозках, с помощью которых наша страна поддерживала военно-экономические связи с союзными державами: Великобританией, США и Канадой. В октябре 1941 года США предоставили нашей стране беспроцентный заем на 1 млрд. долларов, а затем распространили на нее закон о ленд-лизе. Объем работ вновь значительно возрос. Поставки военной техники, материалов и продовольствия осуществлялись по трем главным направлениям через северные порты Архангельск и Мурманск, через Владивосток и через Персидский залив и Иран. Северный путь был самый короткий, и уже с ноября 1941 года суда стали совершать по нему регулярные рейсы. Почти весь объем импортных грузопотоков принял порт Архангельск, где работали и откомандированные сотрудники "Совфрахта". Но уже с весны 1942 года обстановка резко изменилась. Северные союзные конвои стали подвергаться систематическим нападениям противника, который сосредоточил в районе около двадцати подводных лодок и несколько сот самолетов ударной авиации - бомбардировщиков и торпедоносцев. Ритм доставки грузов по северному маршруту начал нарушаться.
Настоящий героизм и преданность делу проявляли экипажи советских транспортов. Днем атаки вражеской авиации следовали непрерывно одна за другой. Ночью трудно было избежать встреч с минами, они не только таились под водой, но и подсеченные тралами боевых кораблей, десятками плавали среди обломков погибших судов. Караваны из тяжелогруженых транспортных судов становились легкой добычей германской авиации и подводных лодок, эфир был наполнен призывами о помощи. Но нужные фронту грузы не шли.
В связи с трудностями обороны судов и значительными потерями на переходе в Баренцевом море английское адмиралтейство отказалось посылать конвои в светлое время года. По этой причине осенью 1942 года "Совфрахтом" были организованы одиночные плавания судов через Северную Атлантику. Дерзкие одиночные плавания в условиях полярного дня с грузами ленд-лиза совершали транспортные суда "Фридрих Энгельс", "Беломорканал", "Декабрист", а также иностранные суда. В обеспечении плавания транспортных судов по Северному морскому пути большую роль сыграли и линейные ледоколы. На Дальневосточном бассейне морские перевозки, несмотря на договор с Японией о нейтралитете, с самого начала войны были сопряжены с большими трудностями и опасностью. Советские суда в море и портах Юго-Восточной Азии стали подвергаться нападениям. Перевозки между Владивостоком и портами Западного побережья США и Канады принимали все более значительный характер, вместе с этим увеличилось и противодействие советскому заграничному судоходству со стороны Японии, стремившейся воспрепятствовать или ограничить плавание советских судов через международные проливы Цусимский и Лаперуза. У южных берегов Японии действовали американские подводные лодки, но отсутствие взаимного оповещения приводило порой к трагическим последствиям. В феврале 1943 года американская субмарина "Софиш" потопила торпедами грузовые пароходы "Кола" и "Ильмень". Среди погибших были сотрудники советской миссии и члены их семей, направлявшиеся в США. Гибли суда и по "навигационным" причинам, ото льдов и шторма.
Объем ежегодно доставляемых во Владивосток грузов стал превышать 2 млн. тонн. Основную долю импорта составляли военная техника, паровозы, промышленное оборудование, продовольствие, жидкое топливо.
Значительный поток грузов ленд-лиха шел в нашу страну и через Иран, основной объем которых перевозили суда пароходства "Каспфлот".
Таким образом, "Совфрахт" использовал все возможные морские пути для поддержания связей с западными союзниками, отделенными от СССР морями и океанами.
Из отчета В/О "Совфрахт" за 1941 год:
"Нападение гитлеровской Германии на Советский Союз и объявления войны Америкой и Англией фактически прекратило существование свободного фрахтового рынка. Общий объем фрахтования инотоннажа за 1941 год составил 17 судорейсов общим тоннажем 62,2 тыс. тонн, что по сравнению с прошлым годом составляет уменьшение на 97,4%.
При отправке экспортных грузов через Владивосток нами использовался главным образом шведский тоннаж, приходивший во Владивосток с импортным грузом из Америки. В тех случаях, когда количество экспортных грузов из Владивостока не являлось достаточным, "Совфрахт" договаривался с судовладельцами об отправке парцелей...
В начале августа 1941 года был создан филиал В/О "Совфрахт" в г. Ульяновске в составе 4-х человек с целью организации дублирования работы и выполнения заданий Объединения. Работа, проводившаяся ранее в Москве по ведению картотеки судовладельческих, брокерских, агентских и бункерных инофирм, возобновилась и продолжилась в Ульяновске в соответствии с существующими инструкциями. Налажен подбор сведений из ежедневных сводок ТАСС по вопросам мирового торгового судоходства, фрахтовых сделок, мероприятий иностранных правительств по торговому судоходству.
Основная задача, поставленная Законом о пятилетнем плане перед морским флотом - увеличение грузооборота к 1950 году в 2,2 раза по сравнению с довоенным уровнем. Нужно было обеспечить перевозки руды для снабжения металлургии Донбасса, вывоз угля из Жданова, вывоз печорских и норильских углей. Важной целью стало освоение районов Южного Сахалина, Курильских островов и Камчатки, развитие морских транспортных связей СССР с другими странами.
Победа в Великой Отечественной войне придавала небывалый энтузиазм и инициативность всем участникам восстановления народного хозяйства. Начиная с 1946 года, "Совфрахт" возобновил работу по фрахтованию иностранного и отфрахтования советского тоннажа. Началось развитие линейных перевозок, был создан конъюнктурно-экономический сектор, вновь организован претензионно-правовой отдел.